En realidad es simplemente por costumbre: es tan correcto hablar de "El evangelio según san Mateo" como "El evangelio de Mateo", y lo mismo con las epístolas de San Pedro y con los demás libros bíblicos.
Quizás a quien no esté acostumbrado puede parecerle irreverente, pero no lo es en absoluto, de hecho, en el uso más antiguo no se solía poner el título de "santo". No porque no lo fueran sino, simplemente, por la costumbre. En los papiros más antiguos, los títulos de los evangelios (ya en el siglo II) no son "según san Mateo, san Marcos, san Lucas y san Juan", sino "kata [según] Maththaion, Markos, Loukas, Johannen".
En el estudio de la Biblia, puesto que acostumbramos mencionarlos muchas veces seguidas en el mismo escrito, parece menos recargado hablar de "evangelio de Marcos" que de "evangelio según San Marcos".
Además debe tenerse presente que en muchos casos la autoría es desconocida: cuando decimos "evangelio según san Juan" no nos estamos refieriendo a un Juan que necesariamente conozcamos, puede o no ser el apóstol san Juan de los Doce (ver: Acerca de la autoría del evangelio de Juan), y lo mismo pasa con los demás escritos, excepto 7 de las 13 cartas paulinas, de las que razonablemente podemos afirmar que son del propio Pablo (Rm, Gal, I y II Cor, 1Tes, Flp y Fil).
En el caso particular de las epístolas de Pedro, ya es un dato adquirido por la crítica histórica el hecho de que se trata de escritos "pseudoepigráficos", un fenómeno muy habitual en la antigüedad pero inusual para nosotros, que es poner el escrito bajo el nombre de un personaje famoso o importante (como hablamos del "Teorema de Pitágoras", pero en realidad formulado 200 años después de Pitágoras), no para mentir al respecto sino para mostrar cómo se inserta ese escrito en una tradición concreta. Simplemente las epístolas de Pedro no son de Cefas, San Pedro, discípulo de Jesús, sino de un autor anónimo que con ese nombre puso esos escritos -ya del fin del siglo I, y quizás en el caso de 2Pedro a inicios del II- en la tradición petrina, por eso parece más adecuado referirse a ellos como "epístolas de Pedro" que de "San Pedro", para evitar creer que estamos leyendo "mismísimos escritos" del Príncipe de los Apóstoles.
Obviamente esto no quita ni menoscaba el carácter de Palabra de Dios que tienen los 27 libros del NT, y que es lo que los hace fundamento de nuestra fe.