Ján Havlík nació el 12 de febrero de 1928 en Vlckovany (Eslovaquia) en el seno de una familia muy pobre. En 1943 ingresó en la Escuela Apostólica de la Congregación de la Misión de San Vicente de Paúl en Banská Bystrica y, en 1949, comenzó el noviciado en Ladce.

Debido a la persecución comunista, la Escuela Apostólica fue clausurada en 1950 y Ján se vio obligado a trasladarse a Kostolná con el pretexto de una «reeducación política» durante un par de semanas y, a continuación, se vio obligado a trabajar en las obras de construcción de la presa de Puchov y en una empresa estatal de Nitra. Al mismo tiempo, de forma clandestina, continuó su formación religiosa hasta que, el 29 de octubre de 1951, superiores y seminaristas fueron detenidos. Tras durísimos interrogatorios y torturas, el 5 de febrero de 1953 fue condenado a 14 años de prisión por alta traición y llevado primero al campo de trabajo de Ostrov y después a Bytíz, en Príbram. En el juicio de apelación, su condena se redujo a diez años.

Las duras condiciones de su encarcelamiento comprometieron seriamente su salud física. En otoño de 1958, cuando fue acusado de pertenecer a una asociación clandestina de presos, se defendió afirmando que sólo había llevado a cabo actividades de evangelización y oración para algunos presos. Por este motivo, se le añadió otro año de prisión a su condena. El 27 de mayo de 1958 fue internado en la prisión de Praga. Su estado físico empeoró considerablemente y fue ingresado en un hospital psiquiátrico con el diagnóstico de «síndrome neurasténico con trastorno depresivo».

El 7 de mayo de 1959 fue internado en la prisión de Valdice y trasladado de nuevo a Praga en octubre de 1960. Su último período de encarcelamiento fue en Ilava y, el 29 de octubre de 1962, fue puesto en libertad al cumplir su condena. Su estado físico estaba grave e irremediablemente comprometido. De hecho, el 27 de diciembre de 1965 falleció repentinamente en Skalica (Eslovaquia).

Por lo que respecta a la realidad de su martirio, se demostró que las condiciones de vida extremadamente duras y los trabajos forzados contribuyeron a un deterioro constante de su salud, que se tradujo en una grave insuficiencia cardíaca, sin recibir el tratamiento adecuado. Su estado de salud también se deterioró progresivamente debido a la administración de drogas por parte de sus carceleros, lo que le causó problemas psicológicos. Varias solicitudes de libertad condicional o amnistía fueron rechazadas porque Havlík era considerado ideológicamente hostil al régimen como «clérigo». Fue liberado el 29 de octubre de 1962 tras cumplir toda su condena, pero su estado físico era tan deficiente que a menudo se veía obligado a permanecer en cama durante largos periodos. Murió prematuramente tres años después de su liberación como consecuencia de los malos tratos físicos y psicológicos sufridos durante su encarcelamiento.

En cuanto aa la voluntad de los perseguidores de someterlo a martirio, el régimen comunista intentó llevar a cabo un proyecto de extinción del fenómeno religioso, en particular, contra la Iglesia Católica y sus ministros. El beato nunca actuó contra el Estado y su persecución estuvo motivada exclusivamente por la fe católica y la lealtad a la Iglesia de Roma. De hecho, se había negado a asistir a seminarios establecidos por el Estado y no reconocidos por la Santa Sede. A los ojos del régimen, su culpa era ser católico y estar formándose para el sacerdocio. Cuando fue liberado tras cumplir su condena, aún se le consideraba resistente a la «reeducación».

Y visto desde él mismo, ¿aceptó el beato su martirio? Ján, reducido hasta el agotamiento de sus fuerzas, vivió sus tres últimos años con una serenidad edificante y un abandono total a la voluntad de Dios, reconciliado incluso con sus torturadores, hacia los que no albergaba ningún resentimiento. Era consciente de que su profesión de fe y su rechazo del régimen comunista significarían para él persecución, encarcelamiento y trabajos forzados. Aceptó el peligro y siguió anunciando el Evangelio a los demás prisioneros, infundiéndoles esperanza. Además, aunque agotado físicamente, copiaba por las noches el Humanismo Integral de Jacques Maritain para difundirlo entre sus compañeros de prisión. Aceptó la injusticia, los malos tratos y el sufrimiento con un espíritu de paciencia, unido a la Cruz de Cristo.

Desde su muerte, Ján Havlík fue considerado por muchos un mártir por el heroico testimonio de fe que pagó con cárcel, trabajos forzados y maltratos de todo tipo. Su fama de mártir ha perdurado en el tiempo y ha llegado hasta nuestros días, unida a una cierta fama de milagros.