Nacido en Turín el 9 de junio de 1837, el menor de nueve hijos, Miguel ingresó en el Oratorio de Don Bosco en 1852. Un día Don Bosco le dijo «Iremos por mitades en todo». Estaba en el primer grupo al que Don Bosco le sugirió la formación de una Sociedad Salesiana. Durante 36 años fue su colaborador más cercano en todas las etapas del desarrollo de la congregación. En 1854, en la habitación de Don Bosco, hizo su «profesión simple», era así el primer salesiano. A los 22 años (1859) fue el primer director espiritual de la congregación y en 1860 fue ordenado sacerdote. A los 26 años (1863-1865) se convirtió en el primer director del Colegio Mirabello y más tarde fue el vicario de Valdocco, con sus 700 alumnos, y de la congregación. Fue administrador de «Letture Cattoliche» (Lecturas Católicas), responsable de la formación y del personal (1869). En 1875 se convirtió en el Director General de las Hermanas Salesianas y acompañó a Don Bosco en sus viajes.

En 1884, por explícita solicitud del fundador, el papa León XIII lo designó sucesor de Don Bosco y en 1888 lo confirmó como Director General. El padre Rua era visto como la «regla viva» debido a su austera fidelidad; sin embargo, también demostró un espíritu paterno que era capaz de gran consideración, tanto que era conocido como el «rey de la bondad».

Con el crecimiento de la cantidad de cofrades y del desarrollo de las obras, envió salesianos a todas partes del mundo, prestando especial atención a las expediciones misioneras. En sus largos viajes por Europa y Medio Oriente, él consoló y animó, siempre mirando hacia el fundador: «Don Bosco dijo... Don Bosco hizo... Don Bosco quería...». Cuando murió, el 6 de abril de 1910 a la edad de 73 años, la Congregación había crecido de 773 Salesianos a 4000, de 57 casas a 345, de 6 provincias a 34 en 33 países.

Cuando lo beatificó, el Papa Pablo VI dijo: «La Familia Salesiana le debe su origen a Don Bosco, al Padre Rua su continuidad. Él convirtió el ejemplo del Santo en un colegio, su Regla en un espíritu, su santidad en un modelo. Transformó el arroyo en un río». Sus restos son venerados en la cripta de la Basílica de María Auxiliadora. Su memorial se celebra, en al congregación, el 29 de octubre.