Este Nicolás nació en Sidonia (ahora Canea) en Creta, de padres acomodados quienes lo llevaron a los diez años de edad a Constantinopla con su tío Teofanes, al monasterio de Studius. El abad quedó muy bien impresionado con el jovencito y le permitió entrar a la escuela del monasterio, donde pronto se distinguió por su docilidad y ahínco para aprender. A la edad de dieciocho años, se hizo monje y se notó que la obediencia a la regla no representaba ningún obstáculo para él, pues ya había llegado al dominio de sí mismo. No estaba destinado Nicolás para llevar una vida pacífica en aquellos tumultuosos tiempos. Los sarracenos saquearon su hogar en Creta, mientras que en Constantinopla y Grecia la Iglesia era cruelmente perseguida por los emperadores iconoclastas. No pasó mucho tiempo sin que fueran desterrados Nicolás, el patriarca san Nicéforo, el abad san Teodoro y otros, y Nicolás hizo todo lo que pudo para ayudar a sus compañeros y aliviar sus sufrimientos. Después del asesinato del emperador iconoclasta León V el armenio, la persecución fue disminuyendo y se permitió a los expatriados volver, pero en tales condiciones que no todos aceptaban. Cuando san Teodoro murió (826), san Nicolás, que había sido un discípulo modelo para los demás, se convirtió en su guía y maestro. La persecución duró hasta la muerte del emperador Teófilo, en 842, cuando su viuda, Teodora, hizo volver a los siervos de Dios desterrados y restituyó las imágenes que se veneraban en las iglesias. Entre los que regresaron, estaba el nuevo abad de los estuditas, a quien después sucedió san Nicolás.

En diciembre de 858, comenzó una tremenda disputa de gran trascendencia, cuando se destituyó a san Ignacio de la sede patriarcal de Constantinopla y pusieron a Photius, nombrado por el emperador Miguel III. San Nicolás no quiso tener ningún trato con él y se desterró voluntariamente, negándose a volver a la amistad de Miguel, quien entonces nombró otro abad. Por varios años el santo anduvo errante, pero al cabo fue aprehendido y enviado de vuelta a su monasterio, donde fue puesto en completo aislamiento. Por ese motivo, no pudo obedecer el llamamiento del Papa san Nicolás I, que deseaba examinarlo como testigo en favor de Ignacio. En 867, mataron a Miguel y su sucesor, el emperador Basilio, no sólo restituyó a san Ignacio, sino que también deseó restablecer al abad Nicolás, quien, sin embargo, se excusó por su avanzada edad. Murió entre sus monjes y fue sepultado junto a san Teodoro, su gran predecesor.

Véase el Acta Sanctorum febrero, vol. I; pero hay mucho material biográfico contenido en la Vida de san Evaristo, impresa en la Analecta Bollandiana, vol. XLI, (1923), pp. 288-325.