Nació en Siles, provincia y diócesis de Jaén el 28 de noviembre de 1876, y fue bautizado a los dos días en la parroquia del lugar, donde su padre era sacristán.
La Sierra de Segura (Jaén) limita con el Arciprestazgo de Cazorla que hasta 1954, fecha en que pasa a la Diócesis de Jaén, perteneció al Arzobispado de Toledo. Quizá por ese motivo de cercanía entre Siles y Cazorla el Siervo de Dios hizo sus estudios en el seminario de Toledo.
Cursó los estudios eclesiásticos en el seminario de Toledo, donde también obtuvo el Doctorado en Teología. El 11 de 1892 recibió la ordenación de presbítero. Su primer destino sacerdotal fue el de capellán en la fábrica de armas de Toledo.
La extensión territorial de la Diócesis de Toledo todavía en el s. XIX y primera mitad del s. XX –y que aún conserva algunos enclaves en otras provincias civiles de España- es debida a la presencia de los Arzobispos de Toledo junto a los Reyes de Castilla a lo largo de los siglos de la Reconquista española, anexionando a la Diócesis de Toledo esos territorios en muchas ocasiones.
Por este motivo la vida pastoral del Siervo de Dios se desarrolla en distintos lugares, lejanos unos de otros. En 1893 es destinado a Ciruelos (provincia civil de Guadalajara); vuelve de allí otra vez a Toledo como superior del seminario y en 1902 marcha como párroco a Puebla de Alcocer (provincia de Badajoz). Desde 1907 es nombrado párroco de Huéscar (provincia de Granada) y al mismo tiempo arcipreste; en este cargo permanece hasta su muerte.
De su vida sacerdotal ya en Huéscar se recogen algunos datos que aporta el canónigo de Guádix que le conoció en Huéscar cuando el dicho canónigo era aún seminarista: era un gran sacerdote, muy respetado en el pueblo; un sacerdote fervoroso y fiel cumplidor de su deber, de carácter enérgico, íntegro y formal, dotes que le granjearon gran prestigio a lo largo de sus prolongados años en su parroquia.
Este mismo testigo cuenta que, con motivo de la visita a Huéscar del político parlamentario socialista, Indalecio Prieto, en un acto de este parlamentario en el Ayuntamiento de Huéscar, tuvo una intervención ante este destacado político español algún político local haciendo alusiones ofensivas a la Iglesia. El beato no se contuvo y allí mismo, en público, recriminó enérgicamente al que intervino de ese modo. El Sr. Indalecio Prieto tuvo que intervenir dando la razón al Siervo de Dios y, dice el testigo, que de aquel incidente surgió no sólo una comprensión sino también amistad entre el beato y el Sr. Indalecio Prieto.
El pueblo de Huéscar hizo frente a las tropas de la República durante varios días. y ante la superioridad de estas y tras ser bombardeado, tuvo que rendirse el 4 de agosto de 1936. Ese mismo día los invasores le exigieron al párroco las llaves de la iglesia, quedando ya detenido en unión de su coadjutor, beato Aquilino Rivera Tamargo.
Estuvieron en la cárcel de Huéscar, de allí pasaron a la de Baza, y de allí a la de Guádix, que estaba en el edificio del seminario. Al B Aquilino lo colocaron entre los que iban a asesinar aquella noche y con gran entereza sacerdotal los alentó y los confesó.
El B. Francisco es nuevamente trasladado, separándose ya de su coadjutor (que recibe el martirio el 22 de noviembre de ese año de 1936). El 25 de diciembre de 1937 es trasladado nuevamente, esta vez a la ciudad de Vélez-Rubio, en la provincia de Almería. Allí recibió toda clase de vejaciones, malos tratos, privaciones, insultos y golpes. A consecuencia de los malos tratos recibidos en dicha prisión, el día 14 de enero de 1938 fallece.
Es interesante revisar en la partida de defunción el dato de la fecha de inscripción y de causa de la muerte. La inscripción se realiza el 15 de enero de 1938, al día siguiente de su fallecimiento que fue, según dice la partida, a causa de «asistolia cardiaca». Esta fórmula que se usaba para inscribir la causa de su muerte era habitualmente un modo de encubrir los malos tratos, vejaciones y torturas agotadoras. Dice también que era sacerdote, que falleció en la prisión y que será enterrado en el cementerio de esta villa de Vélez-Rubio; sin embargo no dice la ubicación de su sepultura y no fue posible identificar el lugar una vez que concluyó la guerra.