Orígenes no era un convertido del paganismo; era el hijo mayor de una familia cristiana numerosa. Nació probablemente en Alejandría hacia el año 185. Su padre, que se llamaba Leónidas, procuró darle una educación esmerada, instruyéndole en las Escrituras y en las ciencias profanas; Leónidas murió mártir durante la persecución de Severo (año 202). Si su madre no hubiese escondido sus vestidos, el joven Orígenes, en su ardiente deseo del martirio, habría seguido la suerte de su padre. El Estado confiscó su patrimonio y él tuvo que dedicarse a la enseñanza para ganar su sustento y el de su familia. La famosa escuela de catecúmenos de Alejandría se había disuelto a raíz de la huida de Clemente. El obispo Demetrio confió entonces su dirección a Orígenes, que contaba a la sazón dieciocho años de edad; había de ocupar este puesto durante mucho tiempo. Atrajo a un gran número de discípulos por la calidad de su enseñanza, pero también, como lo hace notar Eusebio, por el ejemplo de su vida: «Tal como hablaba, vivía; y tal como vivía, hablaba. A esto se debió principalmente el que, con la ayuda del poder divino, moviera a innumerables discípulos a emular su ejemplo» (HE VI 3,7). Eusebio describe con viveza el ascetismo practicado por este Adamantius, «hombre de acero», como él le llama (ver HE VI 3,9-10). Sabemos de la misma fuente que por este tiempo (202-3), mientras enseñaba en Alejandría, Orígenes se castró a sí mismo, interpretando en un sentido demasiado literal a Mateo 19,12 (HE VI 8,1-3) [más tarde, el propio Orígenes desaprobará esta forma de entender el texto de Mateo].

Su carrera de profesor se puede dividir en dos partes. Durante la primera, que va del año 203 al 231, Orígenes dirigió la escuela de Alejandría y su prestigio fue siempre en aumento. Tuvo discípulos que provenían incluso de los círculos heréticos y de las escuelas paganas de filosofía. Al principio daba cursos preparatorios de dialéctica, física, matemáticas, geometría y astronomía, así como de filosofía griega y teología especulativa. Como esta carga le resultara demasiado pesada, encargó a su discípulo Heraclas los cursos preparatorios, reservándose la formación de los estudiantes más adelantados en filosofía, teología y especialmente en Sagrada Escritura. Este horario tan cargado no le impidió asistir a las lecciones de Ammonio Saccas, el célebre fundador del neoplatonismo. La influencia de éste se echa de ver en la cosmología y filosofía de Orígenes, así como también en su método.

Orígenes interrumpió sus lecciones en Alejandría para hacer varios viajes. Hacia el año 212 fue a Roma, «porque deseaba ver la antiquísima Iglesia de los romanos» (HE VI 14,10). Esto sucedía durante el pontificado de Ceferino; se encontró allí con el más renombrado teólogo de la época, el presbítero romano Hipólito. Poco antes del año 215 le hallamos en Arabia, adonde había ido a instruir al gobernador romano, a petición suya. En otra ocasión fue a Antioquía, invitado por la madre del emperador Alejandro Severo, Julia Mamea, que deseaba oírle. Cuando Caracalla saqueó la ciudad de Alejandría y mandó cerrar las escuelas y persiguió a los maestros, Orígenes decidió marchar a Palestina, hacia el año 216. Los obispos de Cesarea, Jerusalén y otras ciudades palestinenses le rogaron que predicara sermones y explicara las Escrituras a sus respectivas comunidades; él lo hizo, a pesar de que no era sacerdote. Su obispo, Demetrio de Alejandría, protestó y censuró a la jerarquía palestinense por permitir que un seglar predicara en presencia de obispos, cosa nunca oída, según él. Aunque los obispos de Palestina lo negaron. Orígenes obedeció la orden estricta de su superior de volver inmediatamente a Alejandría. Para evitar que se repitieran en lo futuro dificultades parecidas, el obispo Alejandro de Jerusalén y Teoctisto de Cesarea ordenaron a Orígenes de sacerdote quince años más tarde, cuando pasó por Cesarea camino de Grecia, adonde se dirigía, por mandato de su obispo, a refutar a algunos herejes. Esto no hizo sino empeorar la situación, porque Demetrio alegó esta vez que, según la legislación canónica, Orígenes no podía ser admitido al sacerdocio por haberse castrado. Quizás Eusebio esté en lo cierto cuando dice que «Demetrio se dejó vencer por la fragilidad humana al ver cómo Orígenes iba de éxito en éxito, siendo considerado por todos como hombre de prestigio y célebre por su fama» (HE VI 8,4). Sea de ello lo que fuere, el hecho es que Demetrio convocó un sínodo que excomulgó a Orígenes de la Iglesia de Alejandría. Otro sínodo, el año 231, le depuso del sacerdocio. Después de la muerte de Demetrio (232), volvió a Alejandría; pero su sucesor, Heraclas, antiguo colega de Orígenes, renovó la excomunión.

Orígenes partió para Cesarea de Palestina, y empezó así el segundo período de su vida. El obispo de Cesarea hizo caso omiso de la censura de su colega de Alejandría e invitó a Orígenes a fundar una nueva escuela de teología en Cesarea. Orígenes la dirigió por más de veinte años. Fue allí donde Gregorio el Taumaturgo pronunció su Discurso de despedida, al abandonar el círculo de Orígenes. Según este valioso documento, seguía en Cesarea prácticamente el mismo sistema de enseñanza que en Alejandría. Después de una exhortación a la filosofía, a modo de introducción, venía el curso preliminar que adiestraba a los estudiantes para la educación científica mediante un ejercicio mental constante. El curso científico comprendía la lógica y la dialéctica, las ciencias naturales, la geometría y la astronomía, y al fin, la ética y la teología. El curso de ética no se reducía a una discusión racional de los problemas morales, sino que daba toda una filosofía de la vida. Gregorio nos dice que Orígenes hacía leer a sus discípulos todas las obras de los antiguos filósofos, a excepción de los que negaban la existencia de Dios y la providencia divina.

Hacia el año 244 volvió a Arabia, donde logró curar de su monarquianismo al obispo Berilo de Bostra. Durante la persecución de Decio debió de sufrir graves tormentos, porque Eusebio habla de cadenas y torturas, tormentos en el cuerpo, tormentos por el hierro, etc (ver HE VI 39,5).

Murió en Tiro el año 253, a la edad de sesenta y nueve años, quebrantada su salud a causa de estos sufrimientos.

Después de su muerte, al igual que en vida, Orígenes siguió siendo un signo de contradicción. Difícilmente podría hallarse otro hombre que haya tenido tantos amigos o tantos enemigos. Es verdad que incurrió en algunos errores; pero no se puede poner en duda que siempre quiso ser un cristiano creyente y ortodoxo. Al comienzo de su principal obra teológica dice él mismo: «No se ha de aceptar como verdad más que aquello que en nada difiera de la tradición eclesiástica y apostólica» (De princ. praef. 2). Él se esforzó en seguir esta norma y al final de su vida la selló con su sangre.

Si comparamos sus ideas con las de Clemente de Alejandría, parece a primera vista que no comparte la alta estima que éste sentía por la filosofía griega. Jamás se encuentra en sus escritos la frase que era familiar a Clemente: la filosofía griega condujo hacia Cristo. En carta dirigida a Gregorio (el mismo que pronunció aquel cálido discurso de despedida en su honor), Orígenes exhorta a su antiguo discípulo a continuar en el estudio de las Sagradas Escrituras y a considerar la filosofía griega solamente como una asignatura preparatoria. Orígenes recalca más que Clemente la importancia de la Sagrada Escritura. Sin embargo, Orígenes cometió el error de dejar que la filosofía de Platón influyera en su teología más de lo que él mismo sospechaba. Esta influencia le llevó a errores dogmáticos graves, especialmente a la doctrina de la preexistencia del alma humana. Otro escollo de su sistema fue la interpretación alegórica. No es verdad que él viera en este método sólo un medio para eliminar el Antiguo Testamento, por el cual, al contrario, sentía la mayor estima. Es verdad, empero, que con este método introdujo en la exégesis un subjetivismo peligroso, que lleva a la arbitrariedad y al error. Por eso, sus doctrinas fueron pronto objeto de discusión. Las disputas conocidas con el nombre de «Controversias origenistas» se recrudecieron especialmente hacia los años 300, 400 y 550. En la primera, sus adversarios fueron Metodio de Filipos y Pedro de Alejandría. Defendió a Orígenes Pánfilo de Cesarea. La controversia se mantuvo dentro de los límites del campo literario y no provocó ninguna intervención eclesiástica oficial. La contienda fue más seria hacia el 400, cuando su doctrina fue atacada por Epifanio de Salamis y Teófilo, patriarca de Alejandría. Epifanio le condenó en un sínodo celebrado cerca de Constantinopla, y el papa Anastasio en una carta pascual. Finalmente, el emperador Justiniano I, en el concilio de Constantinopla de 543, logró que se aceptara un documento que contenía quince anatemas contra algunas de las doctrinas de Orígenes y que fue luego firmado por el papa Vigilio (537-55) y por todos los patriarcas.  Estas controversias fueron la causa de que haya desaparecido la mayor parte de la producción literaria del gran alejandrino. Lo que queda se ha conservado, principalmente, no en el texto griego original, sino en traducciones latinas. También se ha perdido la lista completa de sus obras, que Eusebio añadió a la biografía de su amigo y maestro Pánfilo. Según Jerónimo (Adv. Ruf. 2,22), que se sirvió de esa lista, el número de los tratados llegaba a dos mil. Epifanio (Haer. 64, 63) calcula en seis mil sus escritos, de entre las que conocemos solamente el título de ochocientos. (Quasten)

Orígenes es considerado un eminente padre de la Iglesia, pero no está reconocido como santo. Ver las catequesis de SS Benedicto XVI sobre Orígenes.