El debate continuó por días sin fin en aquel mes de octubre de 1963. Finalmente, como una manera de auscultar el sentir de los padres conciliares se aceptó la sugerencia de una votación informal, sin compromiso, sobre los principales puntos en torno al episcopado. La votación se dio el 30 de octubre y dio un saldo neto a favor de la colegialidad de los obispos. Por una mayoría de más de dos tercios se votó a favor de los siguientes puntos.
Pero esto no puso fin a la consideración sobre las conferencias episcopales. La discusión continuó antes de que se llegara a aprobar el documento. Al enfatizar el poder y la autonomía de las conferencias episcopales nacionales y regionales se enfatizaba la concepción horizontal de la Iglesia, antes que la monárquica, centrada en el papa. Las conferencias episcopales nacionales ahora tendrían poder jurídico para decidir sobre los asuntos relativos a su región.
Surgió entonces la discusión sobre si verdaderamente los obispos podían tener tal independencia de acción. El miedo de muchos, incluso del papa Pablo VI, era que se rompiera la unidad de la Iglesia y surgiera la posibilidad de grupos actuando en contra del papa, o sin el papa.
Por lo tanto, se enfatizó en las intervenciones de que la colegialidad complementa la autoridad papal, pero que no puede estar reñida con esa autoridad. Si el papa perdía el control de la Iglesia era como si Pedro perdía el control de sus ovejas.
Cobró fuerza la sugerencia de que se creara un consistorio, o sínodo, o grupo representativo de los patriarcas y obispos (que representaran la colegialidad de todos los demás obispos) alrededor del papa y que le sirviera de consejo permanente. Este grupo colaboraría mediante asesoramientos oportunos. Tal esquema debía representar la verdadera manera de ejercer la autoridad en la Iglesia: el Papa con los obispos, antes que el Papa con la Curia. Al final del Concilio y en los años subsiguientes muchos obispos volvieron a sus diócesis pensando que eso era lo que se había aprobado. Pero luego el esquema de la autoridad del Papa junto a la Curia ha vuelto a prevalecer. Los obispos han vuelto a quedar supeditados a los funcionarios de la Curia y a los nuncios locales.
Algunos mencionaban un precedente en las iglesias orientales, en que el patriarca de Constantinopla cuenta con un sínodo permanente de obispos que le asesora y le ayuda en los asuntos relativos a su responsabilidad como patriarca. Se propuso para la Iglesia romana un sínodo parecido a manera de un senado eclesiástico que a su vez sustituyese a la Curia en la dirección de la Iglesia y así expresase el sentido de colegialidad episcopal.
La idea de un sínodo de obispos fue expresada por el patriarca Maximos IV Saigh (del rito melquita católico), de manera clara y sucinta. La Iglesia no está compuesta del papa y la curia. Eso no corresponde a la verdadera naturaleza de la Iglesia como pueblo de Dios. El papa es el supremo pastor, pero la curia no representa a la Iglesia universal, tampoco el colegio de cardenales. Los cardenales eran originalmente los curas párrocos de Roma y eso es lo que representan. Por lo tanto debía haber un sínodo de obispos que fuese representativo de la Iglesia universal, para que colaborase con el papa en su labor como supremo pastor.
Eventualmente, a comienzos de la cuarta sesión del Concilio, en septiembre de 1965, SS Pablo VI estableció, motu proprio, por su cuenta, el Sínodo de los obispos. El mismo se reúne cada dos o tres años con funciones consultivas. Tiene la facultad de formular propuestas sobre temas que el papa les propone.
Quedó claro que este Sínodo actuaría con carácter consultivo y sin poder decisional. En la época postconciliar el Sínodo de obispos se ha reunido periódicamente, pero sólo en las sesiones de 1968 y 1974 se continuó, al estilo del Concilio, a discutir y debatir los temas. En los sínodos posteriores los obispos asistentes se han limitado a recibir y aprobar, con alguno que otro comentario, los documentos entregados de antemano por unas comisiones preparatorias.
Aparte del tema de los obispos y de la colegialidad en aquella segunda sesión del Concilio se discutieron otros puntos importantes del documento sobre la Iglesia. Uno fue el tema de la Santísima Virgen, que algunos abogaron por que se incluyera en la consideración sobre la Iglesia. Otros insistieron en que se produjera un documento aparte sobre el tema mariano. El 29 de octubre, en un voto bastante cerrado, el 51% de los padres votó a favor de que el tema de la Virgen fuese tratado dentro del documento sobre la Iglesia. La Virgen, antes que un ser semidivino, es la primera entre los redimidos; es tipo de la Iglesia; es ejemplo de la fe del cristiano, además de ser "consuelo de los cristianos".
A comienzos de noviembre de 1963 el esquema o borrador de la constitución sobre la Iglesia fue devuelto a comité para que fuera revisado conforme a lo discutido. El 18 de noviembre comenzó la discusión del esquema sobre el ecumenismo.
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